農業部農田水利署（原行政院農業委員會112年8月1日改制，下稱農田水利署）辦理農田排水改善工程，經審計部教育農林審計處查核發現，該署部分管理處未依規定完整公開工程各階段生態檢核資訊，經函請農業部督促檢討改善，已將工程各階段生態檢核資訊公開於各管理處官網，以符合公民參與及資訊公開之原則。
　　審計處指出，行政院公共工程委員會為減輕公共工程對生態環境造成之負面影響，秉生態保育、公民參與及資訊公開之原則，訂定公共工程生態檢核注意事項。該注意事項第9點已明列工程計畫核定階段、規劃階段、設計階段、施工階段及維護管理階段之生態檢核作業原則；第11點規定，工程主辦機關應將各階段生態檢核資訊即時公開。復依農田水利署生態檢核注意事項第10點規定，該署、受補助機關或管理處應將各階段生態檢核資訊公開。
　　然而，審計處於112年5月查核發現，農田水利署彰化、嘉南及宜蘭管理處110至111年度辦理中央政府前瞻基礎建設計畫-水環境建設之農田排水等49件工程，其中28件於決標公告註記應辦理生態檢核，彰化管理處已於官網公開7件工程之各階段生態檢核作業資訊，惟嘉南及宜蘭管理處辦理之21件工程，未公開相關生態檢核資訊，不利公民參與及不符資訊公開原則，審計處遂於112年5月16日函請農業部督促檢討改善。
　　審計處表示，經追蹤改善情形，截至112年底止，農田水利署嘉南及宜蘭管理處已將21件工程各階段生態檢核資訊公開於各該管理處官網，以利公民參與及符合資訊公開原則。