內政部為避免我國濕地被不當開發，劃設國際級及國家級重要濕地，據以加強保育。經審計部查核發現，該部委託經營管理機制未臻周延，經函請檢討改善，已訂定相關監督考核機制，促進濕地永續發展。
審計部指出，內政部為遂行重要濕地保育工作，依據濕地保育法於104年2月2日公告劃設國際級及國家級重要濕地42處，並委任台江、陽明山、雪霸、墾丁、金門等5個國家公園管理處，或委託辦臺北市政府等13個地方主管機關辦理37處國際級及國家級重要濕地之保育利用計畫規劃、經營管理、違規事件處分及代收罰鍰等作業。
然而，審計部於111年11月查核發現，內政部與18個委任（辦）機關簽訂之協議書，雖要求應每年向該部函報工作辦理及經費收支情形等成果報告，惟多數機關未能落實提報各項工作實際執行情形，或僅附巡查或環境教育照片，或僅附宣導活動或生態教育成果報告等；至於工作報告應列載經費之收支情形，亦有15個機關均未提報，不利該部督促與輔導受委任（辦）機關確實執行濕地管理與維護工作，審計部遂於112年3月函請內政部檢討改善。
審計部表示，經追蹤改善情形，內政部已訂定「內政部委任（辦）重要濕地之規劃、經營管理、審查及處分作業年度工作執行情形成果報告統一格式」，於112年3月21日函各委任（辦）機關遵循，並將其納入後續評鑑項目，以利控管濕地管理維護工作，達成保育及妥善利用之目標，促進濕地永續發展。