政府為強化與公共工程相關之生態環境保育政策成效，運用臺灣永續發展目標相關機制，導引工程機關落實生態檢核作業。審計部查核發現，對於位於國內高生態價值區域之公共工程類型，政府未完整管控其落實生態檢核，經函請檢討改善，行政院已修正與生態檢核相關之臺灣永續發展目標內涵，提升國內生物多樣性維護成效。
審計部指出，政府108年7月1日通過之臺灣永續發展目標對應指標15.1.3.2「進行生物多樣性維護管理及監測的流域比率」，係將治水、國有林事業區及水庫集水區山坡地範圍內野溪治理等工程實施生態檢核之比率，納為評估國內維護生物多樣性實際成效之基準。
然而，審計部於109年5月查核發現，國內位於高生態價值區域之公共工程類型，舉如經濟部所管國營事業工程及交通部所管國道與省道工程等，前揭臺灣永續發展目標對應指標並未完整涵蓋，未能充分呈現國內保護、維護及促進生態系統永續利用之實際成效，亦不利敦促公共工程減輕其對生物多樣性之不良影響。審計部遂於109年6月15日函請行政院研謀改善。
審計部表示，經追蹤改善情形，臺灣永續發展目標之對應指標15.1.3.2修正案，經行政院國家永續發展委員會於111年7月29日第34次委員會審議通過，將指標內辦理生態檢核區域，由原指標僅針對治水及國有林事業區等工程類型管理，擴大為中央政府及其補助之新建工程均須辦理生態檢核，並敦促各機關自工程全生命源頭充分落實迴避、縮小、減輕與補償等策略研擬生態保育措施，以強化臺灣永續發展目標項下生物多樣性維護管理目標之完整性，及減輕公共工程對生態之不良影響。