文化部規劃於臺中市水湳經貿園區之中臺灣電影中心設置國家漫畫博物館，審計部教育農林審計處查核發現，文化部以該館設計未符合需求，與臺中市政府終止合作備忘錄，影響前期籌備事項之推展，經函請檢討改善，文化部已另覓國家漫畫博物館之設置基地。
審計處指出，文化部於106年10月28日與臺中巿政府合作推動國家漫畫博物館計畫，總經費11.5億元，文化部負擔4.45億元工程經費，於臺中巿水湳經貿園區合建中臺灣電影中心，並委託臺中巿政府執行，以取得部分空間建置國家漫畫博物館。
然而，審計處於108年9月查核發現，文化部與臺中巿政府對國家漫畫博物館之空間配置未達成共識，簽訂之國家漫畫博物館合作備忘錄即將終止，若未能及早進行國家漫畫發展整體資源之盤點，恐影響計畫及預算執行進度等，審計處遂於109年1月函請文化部積極協調妥處，以利後續計畫之推動。
審計處表示，經追蹤改善情形，文化部已選定「帝國製糖廠臺中營業所」及「臺中驛第一貨物倉庫群」同時作為國家漫畫博物館之設置基地，並於110年3月24日完成委託「國家漫畫博物館空間建置與營運先期規劃」之藝文採購作業。