科技部辦理綠能科技聯合研究中心興建計畫，經審計部查核發現，工程執行進度落後，影響廠商進駐期程，經函請檢討改善，該中心已於109年9月完成驗收，並於110年4月開幕啟用。
審計部指出，行政院為兼顧能源安全、環境永續及綠色經濟均衡發展，於105年10月通過「綠能科技產業推動方案-建構沙崙綠能科學城、創新綠色產業生態系」，正式宣布推動沙崙綠能科學城（107年更名為沙崙智慧綠能科學城）之建置，其中科技部負責建置綠能科技聯合研究中心，總經費16億5,392萬餘元，規劃作為臺灣產學研界在綠能技術研究領域之服務提供者，以形塑智慧產業聚落。
然而，審計部於109年3月查核發現，科技部107年間委由南部科學園區管理局代辦綠能科技聯合研究中心興建工程，該局於107年3月完成招標作業，預計108年12月完工及開放廠商進駐，惟截至108年底止，工程因變更設計、追加工作項目等，實際進度僅79.15％，且據科技部估計於109年12月始能開放廠商進駐，較預計期程延後1年，經審計部於109年6月函請科技部督促檢討改善。
審計部表示，經追蹤改善情形，綠能科技聯合研究中心已於109年9月完成驗收，並於110年4月開幕啟用，可加速智慧綠能產業聚落形塑及發展。