政府為減輕公共工程施作對環境造成負面影響，經行政院公共工程委員會（下稱工程會）訂頒公共工程生態檢核注意事項（下稱生態檢核注意事項）等機制，規範各機關辦理公共工程應落實生態檢核，經審計部查核發現，該會未有相關措施確實掌握執行成效，且各機關屢有未落實依規定辦理生態檢核作業情事，經函請檢討改善，已於資訊管理系統建立檢核功能，並增（修）訂相關規定，以建全公共工程生態檢核機制。
審計部指出，工程會於108年5月10日函頒生態檢核注意事項，要求各機關辦理公共工程應執行生態檢核，以減輕工程施作對環境造成負面影響，並要求中央目的事業主管機關就所管工程生態檢核作業執行情形加強督導。
然而，審計部於109年4月查核發現，工程會推動之公共工程生態檢核機制，未有相關措施可確實掌握執行成效，且排除適用生態檢核注意事項之工程類型，仍有影響周邊生態之虞；又工程主辦機關未落實執行生態檢核自評，中央目的事業主管機關亦未確實督導，經於109年6月15日函請工程會研謀改善。
審計部表示，經追蹤改善情形，工程會已於政府電子採購網及公共工程標案管理系統增列相關功能，加強生態檢核辦理情形之管控，並修正生態檢核注意事項部分規定，確保各類公共工程落實生態檢核，且要求中央目的事業主管機關強化督導作為，另函頒「各機關辦理公共工程生態檢核注意事項常見錯誤態樣參考」，俾提升公共工程生態檢核執行綜效，增進工程建設對生態環境之友善程度。