經濟部水利署（下稱水利署）為減輕工程施作對環境造成負面影帶響，訂有生態檢核落實計畫及工程督導作業要點，經審計部查核發現，該署辦理部分治水計畫未及早於工程設計階段檢核周邊生態，相關督導考核規範亦欠周妥，衍生履約施工期間發生生態爭議事件，經函請檢討改善，已修訂相關規定，並建立工程全生命週期之生態檢核及督導考核機制，增進工程建設對生態環境之友善程度。
審計部指出，行政院公共工程委員會基於政府辦理公共工程應注重生態保育，於108年5月10日函頒「公共工程生態檢核注意事項」，要求各工程主辦機關辦理新建工程落實生態檢核作業，以維護生物多樣性資源與環境友善品質。水利署依上開注意事項訂有生態檢核落實計畫及工程督導要點，規定於河川、區域排水及海岸治理落實生態檢核，創造優質水環境。
然而，審計部於109年4月查核發現，水利署辦理公共工程生態檢核作業之時點，以施工階段為主，未及早於規劃設計階段辦理，無法於工程生命週期源頭充分評核對生態環境衝擊程度，預為避免生態爭議事件之發生，且未將環境保護與相關生態檢核辦理情形等納入工程督導要點項目，經於109年6月15日函請檢討改善。
審計部表示，經追蹤改善情形，水利署已分別修訂生態檢核落實計畫及工程督導作業要點相關條文，加強督導涉及環境保護、生態保育議題之工程案件，要求主辦單位依工程生命週期填具公共工程生態檢核自評表，配合生態關注區域圖及生態評估方式，提出具體生態保育措施，增進生態環境保育。