審計部教育農林審計處（下稱教育農林審計處）查核發現，教育部規劃建置高等教育深耕計畫之績效管考平臺，以追蹤計畫執行成效，同時提供社會大眾透明化辦學資訊，惟距計畫推動時間逾一年仍未完成建置，經函請研謀改善，已完成平臺建置，並開放各校查填資料，有助於計畫執行成效管考及落實辦學資訊公開。
教育部推動高等教育深耕計畫，補助大學依其定位發展多元特色及培育新世代優質人才，計畫執行期程自107年1月1日起至111年12月31日，總經費合計836億元。為利後續計畫執行成效管考及提供社會大眾透明化辦學資訊，該部另規劃建置高等教育深耕計畫績效管考平臺。教育農林審計處於108年3月查核發現，該管考平臺因高等教育深耕計畫之績效指標由大學依發展需求自行訂定，評估方式較為多樣，及系統相對應功能設計複雜等因素，致計畫推動已逾一年仍未完成建置，不利計畫執行成效管考及辦學資訊公開。經於108年6月函請教育部研謀改善。
嗣經教育農林審計處追蹤改善情形，教育部已完成平臺建置，於108年10月及109年1月開放各校查填107及108年度資料，並於高等教育深耕計畫網站公開各學校計畫成果及亮點；嗣後亦將於每年1月、7月由各學校固定進行管考平臺填報作業，適時公開各學校辦學資訊，有助於該部掌握計畫推動進度及分析計畫執行成效，作為施政參考，同時落實辦學資訊公開。