臺東縣政府(下稱縣政府)為管理縣轄第二類漁港基本設施使用管理費收費事宜，訂定臺東縣漁港基本設施使用管理費收費類目及費率基準(下稱臺東縣漁港設施管理費收費基準)，經審計部臺灣省臺東縣審計室查核發現，該基準部分內容未配合中央法規修正，經函請研謀改善，已配合修正發布，使地方規範與中央法規相符，健全漁港收費法制。

　　審計室指出，農業部為因應漁港多元使用，於112年6月16日公告修正「漁港基本設施使用管理費收費類目及費率標準」，增列本國籍漁船未領有有效漁業證照者，應依船舶型態分別以總噸位或船舶長度按日計費；另將海上遊樂船舶修正為遊艇、小船，其計費方式由總噸位改為依船舶長度計收，並明定各類漁港主管機關應依各港服務水準，於公告費率上下限範圍內訂定具體收費標準。

　　然而，審計室於114年3月查核發現，縣政府訂定之臺東縣漁港設施管理費收費基準，對於未領有有效漁業證照之本國籍漁船，未訂定相關收費規範；另海上遊樂船舶仍以總噸位計費，且未配合農業部法規修正為遊艇、小船，並改採船舶長度計費，與現行中央法規內容未符，審計室遂於114年6月函請縣政府檢討改善。

　　審計室表示，經追蹤改善情形，縣政府已配合中央規定調整收費對象及計費基準，並於114年11月10日公告修正臺東縣漁港設施管理費收費基準，使地方規範與中央法規一致，俾利漁港管理費收費作業有所依循。