臺北市市場處(下稱市場處)委託臺北市政府(下稱市府)工務局新建工程處(下稱新工處)改建南門市場大樓，供南門市場營業及政府機關辦公使用，經審計部臺北市審計處查核發現，市府財政局(下稱財政局)於改建工程細部設計完成前未完成進駐機關整合事宜，致改建工程完工後須再依進駐機關使用需求辦理配電系統改善工程，辦公樓層因而未能如期啟用，經函請研謀改善，已建立市有資產供需資料庫，並由相關機關進駐營運。
審計處指出，臺北市南門市場大樓氯離子過高，須拆除重建，經市場處委託新工處辦理「南門大樓暨市場改建統包工程」(108年5月31日決標，契約金額26 億8,570萬元)，規劃將南門市場大樓改建為地上12層、地下5層之建築物，其中地下2樓至地上2樓為南門市場；地上4至12樓則由市府相關機關進駐辦公，預計112年10月完工並啟用營運。
然而，審計處於114年1月查核發現，新工處110年4月核定改建統包工程細部設計成果時，財政局應負責規劃進駐機關卻尚未整合確定，致該工程辦公樓層以一般辦公室需求完成設計及施工，且新南門市場大樓於112 年10月完工及市場對外營業後，各辦公樓層迄114年5月仍未啟用，審計處遂於114年5月函請市府督促財政局及市場處檢討改善。
審計處表示，經追蹤改善情形，財政局已擴大盤點建置各機關學校經管未來4年可供調配之市有不動產供需資料庫；另市場處配合進駐機關需求，進行電力系統改善及裝修工程趲趕，截至114年底止，市府都市發展局、環境保護局中正區清潔隊及臺北市中正區健康服務中心等10個機關單位進駐各辦公樓層辦公，發揮公產改建效益。