澎湖縣政府為有效管制縣內養羊產業，維護產業發展，訂定「澎湖縣養羊管制辦法」，經審計部臺灣省澎湖縣審計室查核發現，該府未衡酌縣內養羊產業實際發展情形，及畜牧場申請登記程序，適時檢討法規之妥適性，經函請檢討改善，已廢止「澎湖縣養羊管制辦法」，並依畜牧法相關規定管理輔導養羊產業及至農業部畜牧場登記管理系統，辦理登記申請等，便利養殖戶申請及促進養羊產業發展。
　　審計室指出，澎湖縣政府為管制澎湖縣養羊產業，發展畜牧事業增加農民收入，於73年訂定澎湖縣養羊管制辦法（下稱養羊管制辦法），85年第1次修正後一直沿用，以農漁局為管理機關。該辦法第2、4條規定，有意飼養羊隻之縣民，須檢附申請書及切結書，向當地鄉市公所提出申請，經縣府會同有關單位勘查核准後始得飼養；飼養戶應設有加蓋糞槽及廢水處理設施之羊舍，飼養方式以集中飼養為原則，飼養區周圍並應加設鐵絲網或圍牆圍籬。
　　然而，審計室於110年3月查核發現，農漁局實際管理養羊產業已參照中央制定之畜牧法、畜牧法施行細則等規定辦理，且現行飼養羊隻方式已與該府原訂辦法未盡相符，舉如：七美鄉飼養戶係以半圈養半放牧方式飼養羊隻；且該府亦於97年9月、98年9月公告澎湖南海玄武岩自然保留區特別管制事項，規定區內島嶼在不破壞自然地貌前提下，允許放牧牛羊等。顯示養羊管制辦法與中央法規及實際管理情形未合，審計室遂於110年5月函請農漁局檢討改善。
　　審計室表示，經追蹤改善情形，澎湖縣政府已於113年2月29日公告廢止「澎湖縣養羊管制辦法」，並獲農業部於同年4月8日備查；且依中央法規由受理機關至農業部畜牧場登記管理系統，輔導民眾辦理畜牧場登記申請事宜，便利養殖戶申請及促進養羊產業發展。