金門地區民眾早期多申請水井水權抽取地下水使用，造成地下水超抽鹽化問題，金門縣政府(下稱縣政府)依水利法規定，水權於年限屆滿後消滅，不申請消滅登記者，予以註銷並公告之。截至112年10月，累計公告註銷水權1,322件，約占水權年限屆滿案件之30.55 ％，註銷比率偏低，經函請檢討改善，已加速註銷作業。
審計室指出，依水利法第40條及第41條規定，水權於核准年限屆滿時消滅，但有延長之必要者，水權人應於期限屆滿30日以前，申請展限登記；水權消滅、水權人或義務人應繳回水權狀，為消滅之登記。水權年限屆滿後，不申請消滅登記者，主管機關應予註銷，並公告之。金門地區雖有眾多湖庫，但多位於農牧及生活區下游，受生活污水、畜牧廢水等影響而長期優養化，湖庫水需增加藥劑量改善水質以作為自來水，飲用口感不佳，民眾接受度低，而偏好以水井抽取地下水使用，至107年8月開始向大陸引水後，始改變用水習慣。經統計，截至112年10月底止，上開水井水權逾核准年限未申請展限登記，經縣政府公告註銷水權者，計有1,322件。
然而，審計室於112年10月查核發現，金門縣各類水井水權逾核准年限未申請展限登記者，截至111年底止，計有家用及公共給水1,005口，農業用水3,059口，工業用水81口，其他用途182口，合計4,327口。截至112年10月底止，縣政府累計公告註銷案件為1,322件，約占上開逾期件數之30.55％，顯示註銷作業效率有待提升，審計室遂於113年1月4日函請縣府檢討妥處。
審計室表示，經追蹤改善情形，縣政府113年1至6月已註銷845件，為去年同期(112年1至6月) 75件之11.26倍，有助地下水保育作業。