雲林縣稅務局(下稱稅務局)辦理房屋稅稽徵作業，經審計部臺灣省雲林縣審計室查核發現，部分房屋未依實際使用情形核課房屋稅，經函請檢討改善，已釐正稅籍資料，依法補徵稅款計41萬餘元，維護租稅公平。
審計室指出，房屋稅條例第5條第1項第2款規定，房屋稅率之課徵，非住家用房屋供營業、私人醫院、診所或自由職業事務所使用者，最低不得少於其房屋現值3％，最高不得超過5％；供人民團體等非營業使用者，最低不得少於其房屋現值1.5％，最高不得超過2.5％。
然而，審計室於111年11月查核發現，雲林縣部分房屋實際有營業使用或有營業人設籍情形卻未依營業用稅率課徵房屋稅；部分出租房屋仍按自住稅率課徵房屋稅，顯示稅籍資料列管欠周延，影響房屋稅核課之公平性及減損稅收，審計室遂於111年12月函請檢討改善。
審計室表示，經追蹤改善情形，稅務局已於113年4月完成稅籍清查及釐正稅籍資料，並依法補徵房屋稅104筆、稅額計41萬餘元，將持續加強房屋稅籍清查作業，以維護租稅公平。