臺南市政府(下稱市政府)辦理赤崁文化園區改造工程計畫(下稱赤崁園區改造計畫)，經審計部臺南市審計處查核發現，市政府已知成功國小校園及其附近疑有清代臺灣縣署等遺構，卻未詳加調查遺構範圍及評估對計畫執行之影響，致開工後須先處理大規模地下遺構，延宕工期658日，致該國小師生返校上課期程一再延後，經陳報監察院，業由該院糾正市政府。
審計處指出，市政府為型塑文化觀光新亮點，自105年起推動赤崁園區改造計畫，期程至107年12月底止，經費14億1,750萬元，以國定古蹟赤崁樓定著地及周邊成功國小校區為計畫範圍，重建老舊校舍及興建地下停車場、旅客服務中心等設施，使園區兼具文化、觀光、交通、教育等多元特色。工程於107年11月20日開工後，因陸續發現地下遺構，致多次停工，嗣經改採分區施工，惟截至111年11月底止，工程進度僅19.41％，其中校舍工區僅開挖地下室，赤崁樓原停車場工區另案委外設計，尚未發包。
然而，審計處於111年11月查核發現，市政府已知成功國小校園及其附近疑有清代臺灣縣署等遺構，卻未詳加調查遺構範圍及評估對計畫執行之影響，致107年11月開工後須先處理大規模地下遺構，延宕工期658日，計畫期程由107年延至113年，成功國小師生返校上課期程亦由原訂110年7月一再延後，並取消施作地下博物館，影響計畫效益，經於112年3月16日依審計法第69條第1項前段規定，函請臺南市市長查明妥處，嗣經監察院立案調查後，於113年3月11日公告糾正市政府。(詳監察院公報第3366期)