政府審計制度之設計、審計職權之歸屬，及審計機關之定位，由於各國國情與政治體制不同，自有所差異。惟審計權能否發揮應有之功能，其超然獨立之特性為最重要之條件。審計機關之層級愈高，愈能確保其超然獨立，即使在英美等三權分立之國家，審計機關組織雖與國會同歸於立法部門，惟其首長定位為「國家審計長」與國會無隸屬關係；法、德、日等國更係獨立於三權之外，以確立審計權之獨立性。歸納我國政府審計制度有下列特質：

一、審計權為監察權之一，由審計機關行使。

我國中央政府採五權分立制度，依憲法第90條及憲法增修條文第7條之規定，審計權與彈劾、糾舉等權，同為監察權之一，依監察法第1條及審計法第3條規定，審計職權由審計機關行使之。

二、審計長設於監察院，審計人員依法獨立行使審計職權。

審計長依憲法第104條規定設於監察院，由總統提名，經立法院同意任命之。審計長綜理審計部事務，並監督所屬職員及機關。審計長任期為6年，審計人員依法獨立行使其審計職權，不受干涉。

三、審計長應依限完成決算之審核，並提出審核報告於立法院。

審計長依憲法第105條規定，應於行政院提出決算後3個月內，依法完成其審核，並提出審核報告於立法院。直轄市、縣（市）政府年度總決算之審核，依地方制度法第42條規定，由審計部設於各該地方之審計機關首長提出審核報告於各該地方議會審議。

四、審計權之行使對象為政府所屬全國各機關及有關人員。

審計權之行使對象，與監察院之行使彈劾、糾舉權相同，為中央至地方政府所屬全國各機關及有關人員。審計範圍為中央至地方政府所屬全國各機關、基金及公有營（事）業、政府投資民營事業及受公款委託補助之團體、私人等。

五、審計機關之組織採一條鞭制，由中央直貫地方。

審計職權，依審計法第3條規定由審計機關行使，審計機關之組織係採一條鞭制度，由中央直貫地方。目前審計機關辦理中央政府各機關財務之審計者，有審計部及所屬教育農林、交通建設2個審計處；辦理地方政府各機關財務之審計者，有審計部所屬臺北市、新北市、桃園市、臺中市、臺南市、高雄市6個審計處，以及臺灣省基隆市、宜蘭縣、新竹縣、新竹市、苗栗縣、彰化縣、南投縣、雲林縣、嘉義縣、嘉義市、屏東縣、花蓮縣、臺東縣、澎湖縣暨福建省金門縣等15個審計室。各審計處、室均應依據審計法暨審計部訂定之各種審核規章，執行審計業務，並受審計部監督。