審計機關辦理審計事務，除為適正性及合規性之審計外，並注重效能性之審計。審核之結果，如發覺各機關人員有財務上違失之行為，或違背預算或有關法令之不當收支，或有未盡職責效能過低等情事，應通知有關機關處理，各有關機關得依審計法規定，提出聲復與聲請覆議。而審計機關經覆審覆議程序後，其處理方式如下：

一、審核各機關年度決算：

對於短、漏、誤列之各項歲入款項，及保管款、暫收款、代收款等科目內應繳庫而未繳庫之歲入款，依法修正增列歲入決算通知繳庫。

二、審核各機關年度財務收支：

對於違背預算或有關法令之不當支出，補助、委辦或各項計畫經費支用後所結餘之款項等，依法剔除、修正減列歲出決算通知繳庫。

三、審核稽徵機關賦稅捐費徵收納庫：

對於法令適用不當或計算錯誤，依法通知該管機關查明處理。

四、稽察各機關人員財務上違失案件：

對於涉有違失者依法通知各該機關長官按權責查明處分，情節重大者依法報請監察院處理，其涉及刑事者移送司法機關處理。

五、考核各機關之績效：

核有未盡職責或效能過低，依法通知其上級機關長官，並報告監察院；其由於制度規章缺失或設施不良者，提出建議改善意見於各該機關。如認為有可提升效能或增進公共利益者，提出建議意見於各該機關或有關機關。發現有影響各機關施政或營（事）業效能之潛在風險事項，得提出預警性意見於各該機關或有關機關。