交通部航政機關（101年2月28日前係由基隆港務局負責辦理；101年3月1日後改由航港局權管）對於新北市汐止區貨櫃集散站經營業管理情形，經審計部查核發現，該部航政機關屢次同意業者申請營運範圍土地面積變更之備查，而未查察發現部分貨櫃集散站營運範圍涉及濫闢、違規使用或占用國有土地等情事。經函請檢討改善，交通部已修正發布「貨櫃集散站經營業管理規則」，確保業者於合法土地上營運。
　　審計部指出，交通部航政機關綜理全國航政業務，依據交通部103年11月28日修訂貨櫃集散站經營業管理規則第13條第3項規定，貨櫃集散站經營業如有土地面積之增減等變更事項，應填妥變更登記申請書及檢具相關證明文件資料等，依該管理規則規定辦理變更備查。
　　然而，審計部查核發現，交通部航政機關對於貨櫃集散站經營業者申請營運範圍變更，應依規定詳實查核所檢附之相關證明文件，並確保其土地使用合法性，惟長期未落實查核機制，致部分業者涉及違法使用土地仍持續營運，且未妥適評估建立具體管控措施，影響整體管理成效。審計部遂於112年3月10日函請交通部督促檢討妥適處理。
　　審計部表示，經113年2月及114年12月持續追蹤改善情形，交通部於115年1月12日函復已督促航政機關對於貨櫃集散站管理業務，於審查、查核及行政管理過程中，加強確認業者土地使用之適法性，並於114年6月19日修正發布「貨櫃集散站經營業管理規則」，將土地面積變更之辦理程序由原「事後備查」改為「事前審查同意」，航港局將於事前即協請土地主管機關確認業者土地使用及地權變更之適法性與可行性，以確保業者於合法土地上營運。