雲林縣政府（下稱縣府）為保存湖山水庫開發期間發現之考古文物，規劃新建湖山水庫人文遺址館，經審計部臺灣省雲林縣審計室查核發現，未控管監造計畫書審查與變更設計等作業，致新建工程執行進度落後，影響開館營運期程，經函請研謀改善，已開幕設展。
審計室指出，雲林縣湖山水庫於興建期間發現斗六市及古坑鄉周邊開發區域存有多處考古遺留，經縣府公告為古坑‧大坪頂縣定遺址。縣府為兼顧湖山水庫工程計畫開發及人文歷史環境教育，暨保存考古遺址出土文物，於108年12月31日發包湖山水庫人文遺址館新建工程，決標金額9,805萬餘元，109年5月13日開工，預定111年3月3日完工。
然而，審計室於112年4月查核發現，縣府新建湖山水庫人文遺址館於施工期間因未控管監造計畫書審查及配合現況辦理變更設計作業，耽延完工期限近1年，迄112年2月20日始竣工，且因新建建築物使用執照尚未取得，影響展館後續規劃佈設與營運期程，審計室遂於112年6月函請研謀改善。
審計室表示，經追蹤改善情形，縣府已於113年3月26日取得湖山水庫人文遺址館建築物使用執照，114年6月10日委外營運管理及規劃展場空間佈設，並於114年12月29日開館設展，提供考古研究、文化教育與觀光休閒的環境據點。