交通部觀光署為因應違法旅宿問題，協助各直轄市及縣（市）政府執行違法旅宿管理工作，提供經費補助，包括協助執行稽查、取締、輔導合法化等管理工作之相關人員所需經費、製作違法旅宿之反行銷公告或相關文宣資料、購置或租賃執行現場稽查作業所需設備或器材等。然受限於跨機關業務協調不易及執法力道不足，部分地方政府查處成效欠佳等，致違法旅宿規模持續增加，整體管理績效未如預期，爰審計部於109年間辦理專案調查，發現部分地方政府未落實非法旅宿稽查，或部分業者取得合法登記後違規擴大營業，未予加強稽查；任由違法旅宿業者長年占用國（公）有土地營業，或參與政府補助或活動，形同以政府資源挹注違法經營；違法旅宿涉環境敏感區455家、部分疑似違章建築，危害公共安全，亟需跨機關查處等情事，除促請交通部督促研謀改善外，並報告監察院。嗣經監察院立案調查出具調查報告糾正南投縣政府、嘉義縣政府、新竹縣政府、雲林縣政府、花蓮縣政府及屏東縣政府，另函請交通部確實檢討改進。經追蹤改善情形，交通部及所屬觀光署已持續完備相關法制規範，修正補助要點與考核辦法，並推動跨部會協調，以提升查核效率；加強檢舉案件處理及建立違法旅宿追蹤列管機制等相關改善措施，已有效改善市場秩序，促進產業公平與觀光形象提升。

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