臺南市政府財政稅務局(下稱財稅局)辦理地價稅及房屋稅稽徵作業，經審計部臺南市審計處查核發現，部分農業用地已移作非農業使用仍課徵田賦，及供特定或已納管工廠使用，或非為合法登記工廠所有仍未按營業用稅率核課或按減免條款核課房屋稅，經函請研謀改善，已釐正稅籍資料並補徵地價稅及房屋稅，維護租稅公平。
審計處指出，依土地稅法第22條第1項規定，非都市土地依法編定之農業用地或未規定地價者，徵收田賦；財政部80年11月28日台財稅第800421421號函釋內容，原屬符合土地稅法第22條規定課徵田賦之土地，部分變更為非農業用地使用，依法應改課地價稅者，應按其實際使用面積，分別課徵田賦及地價稅；依房屋稅條例第3條第2項及第15條第2項第2款規定，供營業、私人醫院、診所或自由職業事務所使用者，依其房屋現值按3％稅率課徵房屋稅；合法登記之工廠供直接生產使用之自有房屋，其房屋稅按營業用稅率減半徵收。
然而，審計處於113年10月查核發現，財稅局辦理113年度地價稅及房屋稅稽徵作業，核有部分課徵田賦之農業用地，整筆非為農業使用，或供作製造業、商業、住宅等建築利用，未改課地價稅；部分房屋供特定或已納管工廠使用，或非為合法登記工廠所有，未按營業用稅率核課，或仍按減免條款核課房屋稅等，審計處遂於114年1月函請財稅局檢討改善。
審計處表示，經追蹤改善情形，財稅局已於114年5月完成清查及釐正相關稅籍資料，依法補徵地價稅及房屋稅共838件、金額1,793萬餘元，並持續精進稅籍清查工作，維護租稅公平。