原住民族委員會（下稱原民會）為國有原住民保留地（下稱原保地）之管理機關，於105年訂定「地方政府辦理國有原住民保留地占用處理之標準作業程序」（下稱占用處理標準作業程序），俾利市縣政府及各鄉（鎮、市、區）公所有效查處國有原保地被占用案件。其清查及處理情形經審計部查核發現，間有未落實清查工作，國有原保地被占用案件恐存在相當脫管黑數，且排除占用成效低落，又未及時通知占用人繳納使用補償金等執行效能過低情事，案經函請行政院督促原民會研謀改善並陳報監察院，監察院已提案糾正原民會。
審計部指出，原民會訂定占用處理標準作業程序，並透過補助或核定公所動支原保地租金收入，110至112年度挹注市縣政府或各公所查處國有原保地被占用案件，經費合計3,083萬餘元，該會另於106年間於原住民族土地網際網路土地管理資訊系統（下稱土管系統）新增「占用及使用補償金」模組，責請各公所依占用處理標準作業程序，至土管系統登錄占用案件各階段處理有關資料，作為管理國有原保地被占用案件之準據。
然而，審計部於113年3至4月間運用圖資套疊暨抽案實地查證發現，恐有逾千件國有原保地遭建築占用案件尚未納管，部分甚至位處山崩與地滑地質敏感區，影響國土資源保育；國有原保地被占用列管面積，自108年底之408.99公頃，逐年攀升至112年底之774.62公頃，增幅89.40％，排占成效低落；列管案件近6成於112年度未開單通知占用人繳納使用補償金，恐肇致債權受損等，審計部遂於113年6月25日依審計法第69條第1項前段規定，通知原民會之上級機關行政院督促妥為處理，並陳報監察院。
審計部表示，經追蹤改善情形，原民會刻正逐步清查脫管黑數，妥適納管，並已修正原住民保留地租金收益處理要點，由該會統籌運用租金收益，將作為占用處理財源之一，另策訂114年度占用清查及處理計畫，以落實占用查處目標。另監察院針對原民會管理國有原保地被占用案件清查及處理執行效能過低情事，已於114年8月19日提案糾正原民會。