財政部賦稅署(下稱賦稅署)及各地區國稅局辦理營業稅選案查核作業，經審計部查核發現，部分營業人出口貨物未依規定取具進項憑證，致銷售額與進貨及費用等進項金額不相當，惟未納列營業稅選案查核作業，經函請研謀改善，已增列異常案件選查條件，提升稽徵效能。
審計部指出，加值型及非加值型營業稅法第39條、稅捐稽徵法第44條及稅捐稽徵機關管理營利事業會計帳簿憑證辦法第21條等規定，營業人外銷貨物適用零稅率，溢付稅額得由國稅局查明後退還，其購進貨物、資產或勞務應取得並保存憑證，倘應自他人取得憑證而未取得，就經查明認定之未取得憑證總額，處5％以下罰鍰。賦稅署歷年均訂定營業稅選案查核作業相關計畫，作為各地區國稅局自行訂定查核作業計畫之參據，其中針對營業人外銷貨物查核部分，包含運用進出口貨物案件等相關資料，勾稽及選案查核營業人外銷貨物適用零稅率案件，涉有虛報進項冒退營業稅等各類違章態樣，以促進誠實申報納稅，維護租稅公平。
然而，審計部於112年4月查核發現，各地區國稅局歷年主要針對外銷貨物零稅率冒退營業稅等案件進行審查，而未就進貨及費用等進項金額偏低，疑有銷貨營業人未依規定取具進項憑證及上游供貨商短漏報銷售額等異常案件辦理查核，且賦稅署亦未將是類態樣納列選案查核條件，俾供各地區國稅局依循加強查核。審計部遂於112年6月函請賦稅署研謀改善。
審計部表示，經追蹤改善情形，賦稅署已將是類營業人申報出口貨物異常態樣，納列各地區國稅局113年度營業稅選案查核條件，計補徵稅額及罰鍰1億706萬元，提升稽徵效能。