農業部農田水利署（下稱農水署）辦理農田水利建設，為加強生態保育，訂有「行政院農業委員會農田水利署生態檢核注意事項」(下稱農水署生態檢核注意事項)，經審計部教育農林審計處查核發現，農水署生態檢核注意事項未依行政院公共工程委員會（下稱工程會）最新修正之內容滾動檢討修訂，且生態檢核資訊分散公開於各管理處網站，經函請檢討改善，農水署已修正規定並建置生態檢核資訊公開專區。
　　審計處指出，農水署為減輕工程執行時對生態環境之負面影響，配合工程會所訂「公共工程生態檢核注意事項」，於110年1月29日訂定前揭農水署生態檢核注意事項，規定農水署、受補助機關或管理處執行核定之工程，除災後緊急處理、搶修、搶險工程等特定情形外，須辦理生態檢核作業，並將各階段生態檢核資訊公開。
　　然而，審計處於113年11月查核發現，工程會考量部分工程案件評估作業不確實，致未辦理生態檢核作業，經於112年7月18日修正「公共工程生態檢核注意事項」，將原構造物範圍內之整建或改善、已開發場所之工程，明定無須辦理生態檢核者應先經上級機關審核確認無涉及生態環境保育議題。惟前揭農水署生態檢核注意事項未配合滾動檢討修正；另農水署辦理農田水利建設等工程，相關工程生態檢核資訊未集中揭露，散落於農水署各管理處官方網站公開，不利民眾查詢及瞭解，審計處遂於114年1月函請農水署檢討改善。
　　審計處表示，經追蹤改善情形，農水署已於114年1月7日修正公告「農業部農田水利署生態檢核注意事項」，強化各項工程生態檢核作業，並建置「農業部農田水利署生態檢核資訊公開專區」，以利民眾查詢及瞭解。