臺南市政府(下稱市府)為維護民眾生活環境，設置城西垃圾焚化廠廢棄物處理設施，經審計部臺南市審計處查核發現，城西垃圾焚化廠代處理一般事業廢棄物之收費標準，未完整納列民生垃圾篩分打包等相關成本，經函請研謀改善，已調整收費標準，以維護焚化爐正常運作，健全財務結構。
審計處指出，依據廢棄物清理法第28條第6項規定，執行機關受託處理一般事業廢棄物，應於處理一般廢棄物後，仍有餘裕處理能量，始得為之，並依市縣主管機關所定事業廢棄物代處理收費標準收費。市府除有處理家戶垃圾，並受託處理一般事業廢棄物，另訂定「臺南市代清除處理一般事業廢棄物收費標準」，俾供受託處理一般事業廢棄物之收費準據。
然而，審計處於112年3月查核發現，城西垃圾焚化廠代處理一般事業廢棄物，廢塑膠或廢橡膠混合物每公噸僅收費3,500元，其餘類別每公噸則收費2,050元，均遠低於其他公民營焚化處理機構之收費標準，且未納入協助處理事業廢棄物辦理之民生垃圾篩分打包及委託鄰近市縣代燒垃圾須運回底渣與飛灰固化物等處理成本，審計處遂於112年12月函請市府督促改善。
審計處表示，經追蹤改善情形，市府自114年7月1日起調整「臺南市代清除處理一般事業廢棄物收費標準」，廢塑膠混合物或廢橡膠混合物之代處理費用每公噸調整為6,000元，其餘類別每公噸調整為3,000元；另配合代處理費用調整，由公噸改以實際進場公斤數計算，以完整反映一般事業廢棄物之實際代處理成本，維護焚化廠相關設施正常運作，健全財務結構。