依行政院及所屬各機關風險管理及危機處理作業原則暨作業手冊之規定，各機關自110年起正式實施風險管理、內部控制及績效管理整合新制(下稱風險管理整合新制)，經審計部查核發現，部分機關未落實風險管理及內部控制監督作業，經函請行政院督促檢討改善，已加強輔導釐清觀念及督促切實執行。
審計部指出，行政院自94年起推動風險管理與內部控制作業，105年決議整合風險管理、內部控制及績效管理三大機制，由國家發展委員會與行政院主計總處研訂簡化規範，106年完成作業原則及作業手冊草案，經108、109年試辦後，自110年1月起正式實施，期以機關整體之觀點，運用系統性方式執行風險辨識、評估、處理、監督及檢討，並隨時監督環境變化，透過內控制度監督作業檢討對策成效，以持續精進風險管理效能，提升公部門整體治理韌性。
然而，審計部於113年12月查核發現，風險管理整合新制已正式實施4年，惟仍有部分機關未依規定檢討修正風險彙總表及風險圖像，或未完整追蹤內部控制缺失及興革建議等，風險管理及內部控制監督作業未盡落實，恐不利應對潛藏施政挑戰，發揮內部控制興利防弊之功能，審計部遂於於114年3月27日函請行政院督促檢討改善。
審計部表示，經追蹤改善情形，國家發展委員會業擬具整合性風險管理具體作法，於114年6月9日函請各機關確實執行；行政院主計總處亦擬具政府內部控制監督作業要點第21點規定補充說明，闡明得彈性調整自主評估及內部稽核作法之機制，並檢送審計部查核各機關辦理內部控制監督作業缺失態樣，於114年5月27日函請各機關確實依相關規定注意檢討改進，並落實逐級督導，以提升自主管理效能。