雲林縣稅務局(下稱稅務局)辦理房屋稅及地價稅稽徵作業，經審計部臺灣省雲林縣審計室查核發現，部分課徵田賦之土地非作農業用途；部分課徵自用住宅優惠稅率之房屋，有執行業務、營業或出租使用，經函請研謀改善，已查明並釐正稅籍資料，依法補徵稅款計1,477萬餘元，維護租稅公平。
審計室指出，依土地稅法第14條規定，已規定地價之土地，除依第22條規定課徵田賦者外，應課徵地價稅；同法第22條規定，非都市土地依法編定之農業用地或未規定地價者，徵收田賦，但都市土地合於相關規定者亦同。房屋稅條例第5條規定，供營業、私人醫院、診所或自由職業事務所使用者，按非住家用房屋稅率課徵，最低不得少於其房屋現值3％。
然而，審計室於112年10月查核發現，雲林縣部分課徵田賦之土地有非作農業用途；部分房屋供執行業務、營業或出租使用，仍以自用住宅優惠稅率課徵房屋稅，影響稅賦核課之公平性及減損稅收，審計室遂於112年11月、113年1月函請檢討改善。
審計室表示，經追蹤改善情形，截至114年3月底止，稅務局已查明並釐正稅籍資料，依法補徵地價稅280筆、金額715萬餘元；房屋稅453筆、金額761萬餘元，維護租稅公平。