內政部為維持新豐溪出海口各種動植物生態系統及棲地環境，劃設新豐國家級重要濕地，據以加強保育。經審計部查核發現，該濕地之保育利用計畫遲未完成審議，經函請檢討改善，該部已於113年12月26日公告「新豐重要濕地（國家級）保育利用計畫」計畫書、圖，有利濕地生態保育及明智利用。
審計部指出，依據濕地保育法第10條及第17條第2款規定，重要濕地保育利用計畫之審議，應自公開展覽結束之翌日起算180日內完成。內政部為遂行新豐濕地之保育工作，於100年1月18日公告其為國家級國家重要濕地。濕地保育法於104年2月2日施行後，新豐濕地依同法第40條規定視同國家級重要濕地，該部並於105年2月1日至同年3月1日辦理保育利用計畫公開展覽。
然而，審計部於111年11月查核發現，該濕地之保育利用計畫公開展覽後，依限應於105年8月28日前（180日內）完成審議，惟因地區居民對於劃設範圍及分區仍有疑義，內政部重新調查檢討，遲未完成審議，不利濕地保育利用，審計部遂於112年3月函請內政部檢討改善。
審計部表示，經追蹤改善情形，內政部已加強與民眾溝通，適時調整規劃之功能分區，並於113年9月27日經該部重要濕地審議小組第2次會議審議通過，同年12月26日公告「新豐重要濕地（國家級）保育利用計畫」計畫書、圖，規範公告劃入計畫內之土地，應依濕地保育法及該計畫規定辦理，以維護生物多樣性，促進濕地生態保育及明智利用。