國家科學及技術委員會(下稱國科會)新竹、中部及南部科學園區管理局(下稱竹科、中科及南科管理局)為確保污水下水道系統及污水處理廠正常運轉，辦理污水下水道系統操作維護工作，經審計部查核發現，污水處理廠部分設備損壞多年未修復，影響污水處理時效及增加人力處理成本，經函請國科會督促檢討改善，已辦理設備更新及修繕，有助提升污水處理效能。
審計部指出，竹科、中科及南科管理局委託專業廠商辦理污水下水道系統操作維護工作，並定期修繕及汰換老舊或無法使用之設備與零件，如設備發生故障、停用或無法發揮既有功能，由機關另案辦理維修、汰換或更新之採購，以維持污水處理廠設備妥善率。
然而，審計部查核發現，竹科、中科及南科管理局所轄污水處理廠設備損壞尚未修復計48件，有20件已損壞超過1年，其中竹科管理局轄管新竹園區污水處理廠一期調節池、砂濾池等設備，已損壞逾8年，由廠商以自購相關設備或人工處理方式代替，影響污水處理時效及增加人力處理成本，審計部遂於114年1月函請國科會督促檢討改善，以維護污水處理效能。
審計部表示，經追蹤改善情形，截至114年4月底止，各園區管理局已完成設備更新及修繕39件，餘9件已辦理設備採購作業，有助提升污水處理效能。