嘉義市政府財政稅務局(下稱稅務局)依據嘉義市房屋稅徵收率自治條例(下稱自治條例)課徵房屋稅，經審計部臺灣省嘉義市審計室查核發現，自治條例對於持有房屋戶數不論多寡，非自住住家用房屋稅均以單一稅率1.5％訂定，經函請研謀改善，已修正自治條例，訂定房屋稅差別稅率，落實居住正義。
審計室指出，房屋稅條例於103年修正，自住與非自住房屋之稅率分離，住家用房屋供自住或公益出租人出租使用者，稅率為1.2％；其他供住家用者，最低稅率為1.5％，最高不得超過3.6％。各地方政府得視所有權人持有房屋戶數訂定差別稅率。嘉義市於104年3月修正公布自治條例規定，非自住住家用房屋，按其房屋現值課徵1.5％。
然而，審計室於112年11月查核發現，嘉義市房貸負擔率及房價所得比之年變動值分別為4.45％及0.74倍，且房貸負擔率已跨入「房價負擔能力略低」等級；另房價指數為244.99，而嘉義市非自住住家用房屋仍採單一稅率1.5％課徵房屋稅；另政府為反映納稅義務人全國持有房屋戶數之情形，爰於112年12月修正房屋稅條例，除將非自住住家用房屋由各市縣歸戶改按全國歸戶外，各地方政府應訂定差別稅率，審計室遂於113年1月函請稅務局檢討改善。
審計室表示，經追蹤改善情形，稅務局已提出自治條例修正草案，經嘉義市議會於113年12月三讀通過，針對持有多戶且未作有效使用者之房屋調高其法定稅率，持有1戶者，為2.6％、持有2至4戶者，每戶為3.2％、持有5至6戶者，每戶為3.8％、持有7戶以上者，每戶為4.8％，並按全國持有戶數全數累進課徵，合理化房屋稅負，以符合租稅公平原則。