南投縣政府稅務局(下稱稅務局)辦理地價稅及房屋稅稽徵作業，經審計部臺灣省南投縣審計室查核發現，部分稽徵案件未依實際使用情形核課稅捐，經函請研謀改善，已釐正稅籍並依法補徵稅款，維護租稅公平。
審計室指出，依土地稅法第9條、第14條、第16條及第17條規定，已規定地價之土地，除課徵田賦者外，應課徵地價稅，地價稅基本稅率為 10‰，無出租或供營業用之自用住宅用地則按2‰計徵。又依財政部79年6月18日台財稅第790135202號函釋，課徵田賦之農業用地，在依法辦理變更用地編定或使用分區前，變更為非農業使用者，應自實際變更使用之次年期起改課地價稅。房屋稅條例第5條規定，房屋稅依住家用及非住家用，按不同稅率課徵。
然而，審計室於112年9月查核發現，稅務局辦理地價稅及房屋稅稽徵作業，部分土地設籍營利事業、用電種類為營業用電、或作為未登記工廠及露營區使用等，惟該局以自用住宅稅率課徵地價稅、田賦(目前停徵)，及以住家用稅率課徵房屋稅等，審計室遂於113年1月函請檢討改善。
審計室表示，經追蹤改善情形，截至113年底止，稅務局已清查及釐正相關稅籍資料，並補徵地價稅或房屋稅計719筆、金額201萬餘元，並將持續精進稅籍清查工作，以維護租稅公平。