臺南市政府教育局(下稱教育局)為建構友善校園環境，積極辦理性別平等教育，經審計部臺南市審計處查核發現，校園性平事件調查經費不足且具調查資格之專業人員銳減，影響性平教育推動，經函請研謀改善，已增加調查經費預算及人員培訓場次，取得高階培訓結業證書且列入人才庫人數，已大幅增加。
審計處指出，依各機關編製113年度單位預算案應行注意辦理事項第8項規定，各機關預算籌編過程中應融入性別觀點，具促進性別平等目標及效果之計畫，應優先編列預算辦理；另校園性侵害性騷擾或性霸凌防治準則(113年3月6日修正名稱為「校園性別事件防治準則」)第22條第5項規定，自112年起，必須取得調查知能高階培訓結業證書者方可列入調查專業人才庫。
然而，審計處於113年3月查核發現，教育局所轄高中、國中、國小等學校112年度通報疑似校園性平事件計1,537件，較110年度之1,218件增加319件，增幅26.19％，因通報性平事件持續增加，調查委員出席費及稿費等預算編列連年不敷支應，110至112年度短缺經費分別為95萬餘元、57萬餘元、75萬餘元，須以其他相關業務經費勻支；又截至112年底止，臺南市完成性平事件調查專業人員高階培訓並經性別平等教育委員會審議納入人才庫者計127人，較111年底之254人驟減127人，減幅達50％，審計處遂於113年5月函請教育局檢討改善。
審計處表示，經追蹤改善情形，教育局於114年度校園性平事件調查經費預算，較113年度提高60萬元，並增加辦理專業人員高階培訓場次，截至113年底止，取得高階培訓結業證書且列入人才庫之調查專業人員計213人，較112年度增加86人，增幅67.72％，落實營造性別友善及和諧安全之校園環境。