衛生福利部食品藥物管理署管制藥品製藥工廠（下稱製藥工廠）代辦國外第一級、第二級管制藥品之輸入業務，並依藥品銷售價格及專案輸入管制藥品收費要點（下稱管制藥品收費要點）規定收取代辦專案輸入管制藥品手續費。經審計部查核發現，管制藥品收費要點久未修訂，手續費收入已不敷支應代辦業務支出，經函請衛生福利部食品藥物管理署（下稱食藥署）督促檢討改善，已修訂代辦手續費標準，有助健全基金財務，確保基金永續經營。
審計部指出，政府為防止流用、濫用第一級、第二級管制藥品，依管制藥品管理條例規定，由製藥工廠專責處理管制藥品之輸入、輸出、製造及販售等相關事宜。製藥工廠得接受具有管制藥品登記證之業者（機構）申請，代辦專案輸入管制藥品，並按件收取手續費、報關費及逾期保管費等。
然而，審計部於112年10月查核發現，製藥工廠於103年4月將專案輸入管制藥品每件手續費調升為5千元後，手續費收費標準即未再調整修訂，惟該廠已於107年及111年間調整代辦專案輸入業務人員之薪資待遇，經以112年度製藥工廠業務人員薪資估算結果，代輸入業務相關人力成本已逾7千元，再加計文具紙張、郵資等行政費用，手續費收入已不敷支應有關支出，審計部遂於113年1月函請食藥署督促研議修訂管制藥品收費要點之可行性，以利基金運作。
審計部表示，經追蹤改善情形，製藥工廠已評估人事及原物料成本，依成本回收原則，報經衛生福利部核定，於114年2月4日公告修正管制藥品收費要點，調整代辦專案輸入管制藥品手續費為每件1萬元，自114年3月1日生效，有助健全基金財務，確保基金永續經營。