政府為解決未登記工廠占用農地所造成之環境危害，進而健全工廠之管理輔導，爰採取「不准新增、全面納管、就地輔導」原則，嗣通過工廠管理輔導法部分條文修正，自109年3月20日起施行。屏東縣政府(下稱縣政府)依上開規定就申請納管之未登記工廠業者收繳農業用地變更回饋金(下稱回饋金)，經審計部臺灣省屏東縣審計室查核發現，縣政府輔導納管部分工廠現地確為非農業使用，惟審查進度緩慢，致仍未達收取法定回饋金階段，經函請研謀改善，已加速辦理輔導審查程序，有效提升納管未登記工廠回饋金收繳進程。
審計室指出，按工廠管理輔導法第28條之5及第28條之10第2項規定，低污染之既有未登記工廠經同意納管，最遲應於119年3月19日前取得特定工廠登記；辦理使用地變更編定前，應繳交回饋金予市(縣)主管機關。
然而，審計室於112年9月查核發現，低污染既有未登記工廠於申請納管截止期限(111年3月21日)前，已向縣政府申請納管登記有案者計有390家，且多數工廠現地確為非農業使用，惟審查進度緩慢，致皆未能收取農地變更回饋金，進而申請工廠合法登記，審計室遂於112年12月函請縣政府研謀改善。
審計室表示，經追蹤改善情形，縣政府已加速辦理納管未登記工廠合法化輔導作業，截至114年1月底止，已輔導達成提出改善計畫、完成實質改善、申請特定工廠登記、申請用地計畫及申請土地變更等階段之納管有案工廠分別為299家、78家、76家、5家及1家，已收取回饋金計1,294萬餘元，將專款專用於增進農民福利及農業發展，促進土地資源合理分配與運用。