行政院主計總處（下稱主計總處）為強化政府整體補（捐）助案件之完整性，及擴大民間團體補（捐）助系統（下稱CGSS）效益及附加價值，持續優化CGSS功能，經審計部查核發現，部分機關未落實於CGSS登載補（捐）助資料及運用CGSS查詢功能，易衍生重複補助情形，經函請主計總處督促檢討改善，已新增CGSS檢核功能，及完成新版介接規格，函請各機關提高資料傳輸頻率及落實勾稽檢核，以降低發生重複補助之風險。
審計部指出，政府為利跨機關間即時掌握補（捐）助案件申請及結報情形，104年由國家發展委員會建置CGSS，並自109年移由主計總處維護管理，供各機關於辦理補（捐）助案件時查詢運用，以降低發生重複補助或超出所需經費等情形之風險。
然而，審計部查核發現，部分機關補（捐）助案件未登載於CGSS，或於受理申請及核定補（捐）案件後，未即時登載補（捐）助資料，另部分案件受補（捐）助民間團體向機關申請時，未註明其同時間向其他機關申請補助情形，且機關亦未落實運用CGSS查詢功能，易衍生重複補助情形，審計部遂於113年5月函請主計總處檢討改善，以從源頭有效控管。
審計部表示，經追蹤改善情形，主計總處為強化機關使用CGSS效能，已於113年7月函請各機關確實依規定辦理，並於CGSS增加檢核功能，及於114年1月設計完成CGSS新版介接規格，要求各機關提高介接頻率及落實勾稽檢核，提升CGSS資料之完整性及即時性，降低發生重複補助之風險。