雲林縣政府(下稱縣政府)辦理國土變異點查報及違規處理作業，經審計部臺灣省雲林縣審計室查核發現，國土變異點案件之累計已辦結率未及6成，有待提升，經函請研謀改善，已加強案件查處作業，提升清查效率，確保國土永續發展。
審計室指出，內政部國土管理署(下稱國土署)為遏止農地違規使用事件發生，透過衛星監測比對運算、分析出地表不同時間點的疑似變異點，通報鄉鎮市公所至現場進行初判，再由縣市政府查核是否違規，以協助地方政府進行土地利用管理工作。
然而，審計室於113年4月查核發現，國土署113年2月16日公開揭露農地違規案件之查處情形成果統計表顯示，各市縣112年第4季累計違規已辦結數計4,286件，累計已辦結率為79.55％，惟同期間雲林縣已辦結率僅58.94％，未及6成，查處作業未臻積極，審計室遂於113年5月函請縣政府積極檢討改善。
審計室表示，經追蹤改善情形，縣政府業針對公所查證屬違規使用案件，函請權責單位依行政程序查處，雲林縣113年第3季累計已辦結率為87.35％，較112年第4季增加28.41個百分點，提高清查成效及發揮嚇阻違規效果，確保國土永續發展。