臺南市政府農業局(下稱農業局)辦理新化果菜市場遷建計畫(下稱市場遷建計畫)，經審計部臺南市審計處查核發現，該局事前未與攤商達成設計需求及冷藏庫招商方式等共識，致計畫執行期程較預定落後4年2個月，經函請檢討改善，新建市場及冷藏庫已陸續進駐營業使用，發揮蔬果貯存、批發集散及天災來襲穩定供應量與市場價格等效益。
審計處指出，農業局為改善新化果菜市場舊場腹地不足、建築物老舊及欠缺冷藏設備，導致市場機能受限等問題，於103年推動市場遷建計畫，經費8億5,100萬元，預定遷建該市場至台灣糖業股份有限公司所有之新化段王公廟小段938-3等4筆土地，同時新建冷藏庫與市場一併啟用，計畫期程至106年12月底完成。
然而，審計處於110年12月查核發現，農業局辦理市場新建工程招標前，未與攤商達成共識，迨至108年2月開工後，辦理多次變更設計仍無法滿足需求，110年10月竣工後須再辦理場區優化工作，延遲市場遷建作業期程；另採促參方式委託民間興建及營運冷藏庫，惟前置作業未邀請攤商參與以取得共識，遭質疑有壟斷蔬果冷藏經營等問題，遂於110年9月終止促參契約。截至111年2月底止，新建市場仍未啟用，亦未發包興建冷藏庫，計畫期程已落後逾4年2個月，審計處遂於111年5月函請臺南市市長督促研謀改善。
審計處表示，經追蹤改善情形，市場已於111年12月營運，成為臺南市蔬果批發集散場地，且為全國首座梯田造型綠建築，截至113年7月底止，共吸引180萬人次到訪，成為新興觀光景點；另冷藏庫位於市場西側，112年2月發包興建，已於113年9月15日竣工，提供攤商就近之冷鏈保鮮服務，並於天災來襲時發揮調節蔬果供應量及穩定市場價格等效益。