臺北市動物保護處(下稱動保處)委託廠商辦理生物多樣性指標調查計畫並建置資料庫，經審計部臺北市審計處查核發現，生物多樣性資料庫計畫成果資料收錄欠完整，影響使用者共享或加值運用，經函請檢討改善，動保處已上傳計畫報告，並完成資料庫網站更新，以提升調查資料共享，及民間運用臺北市生物多樣性資料庫便利性。
審計處指出，臺北市政府為瞭解臺北市生物多樣性現況，自96年起執行生物多樣性指標調查計畫並建置資料庫，嗣為有效彙整收錄市府各機關辦理生態調查資料，動保處動支預算140萬元建置新版臺北市生物多樣性資料庫網站(下稱生物多樣性資料庫網站)，於105年9月上線，並整併臺北市政府工務局水利工程處(下稱水利處)河濱生態資訊網調查成果，藉由指標資料庫之建立，提供市府管理參考，及開放供民眾查詢或下載使用，以提升民眾對於生物多樣性之認知。
然而，審計處於112年11月查核發現，動保處自99年起即委外辦理臺北市自然保護區域及其周邊環境監測計畫，且108至112年每年執行數介於96萬餘元至112萬餘元不等，惟生物多樣性資料庫網站僅列有105及106年度計畫成果報告；另水利處111及112年持續委託辦理濕地及滯洪池等棲地生態監測服務，惟相關計畫報告於該資料庫網站僅列至108年度，臺北市轄內生態相關調查成果顯未能於網站完整呈現，審計處遂於113年2月函請動保處檢討改善。
審計處表示，經追蹤改善情形，動保處已將生態相關監測報告上傳並完成資料庫網站更新，截至113年8月7日止，累計有25萬餘筆調查資料，藉由長期監測累積之生態調查資料，可分析歷年趨勢，提供予相關單位作為政策評估及執行參考，並達政府資料公開、共享、流通之效。