臺南市政府經濟發展局(下稱經發局)為落實未登記工廠全面納管及就地輔導之政策目標，受理既有未登記工廠納管申請，經審計部臺南市審計處查核發現，近4成案件未完成審查，影響納管輔導金之收繳及業者權益，經函請檢討改善，已增派人力加強未登記工廠納管之審查作業，申請案件已近完成審查，並持續督導業者取得特定工廠登記。
審計處指出，經濟部於109年3月20日修正工廠管理輔導法，有條件受理既有低污染等工廠至地方主管機關申請納管，要求其提出工廠改善計畫，每年依場地面積繳交納管輔導金至取得特定工廠登記為止；另考量主管機關同意納管之不確定性，影響業者提送改善計畫資料之意願，於111年9月第12次工廠管理輔導會報決議，請各市縣主管機關於111年12月底前完成納管審查作業。
然而，審計處於112年3月查核發現，截至111年底止，臺南市未登記工廠納管申請數達2,706家，因案件量龐大及審查人力不足，未完成納管審查作業計1,061家，比率達39.21％，影響業者權益及納管輔導金之收繳。審計處遂於112年5月函請經發局檢討改善。
審計處表示，經追蹤改善情形，經發局已增派人力加強未登記工廠納管之審查作業，截至113年8月底止，未登記工廠納管申請家數為2,769家，計2,737家已完成審查，達98.84％，居第一級市縣政府第3名；尚有32家位處農產業群聚地區之工廠，仍須與經濟部產業發展署辦理聯合會勘進行審核，將持續督導業者依計畫改善以取得特定工廠登記。