前行政院衛生署(已於102年7月23日改制為衛生福利部，下稱衛福部)分期推動醫療網計畫情形，經審計部查核發現，衛福部特許醫療機構申請設置醫療專用區案件多年迄未開發，醫療資源未能有效發揮，經函請檢討改善，並陳報監察院供行使職權參考，衛福部已責成地方衛生主管機關加強對轄內醫院設立或擴充等案件期程之掌控，以確保醫療效益，監察院並提案糾正衛福部。
審計部指出，衛福部為促進醫療資源均衡發展，統籌規劃現有公私立醫療機構及人力合理分布，並劃分醫療區域，建立分級醫療制度，自75年起開始分期推動醫療網計畫。據該部核定各醫療機構申請核准函所列，醫療機構之硬體建設開發申請案，經該部審查符合醫療網計畫者，即認定為配合中央興建之重大投資計畫設施等，申請單位得向都市計畫主管機關辦理開發許可申請變更為醫療專用區。
然而，審計部查核發現，衛福部核准部分醫療機構設置醫院等申請案件，於核定後分別逾20至28年不等迄未辦理開發，該部卻未妥為積極輔導監督管理及評估廢止許可，肇致均衡醫療資源目的等效益不如預期，亦有排擠其他醫療機構申請設置之不良影響。審計部遂於111年3月25日函請衛福部檢討改善，並於112年3月29日陳報監察院供行使監察職權之參考。
審計部表示，經追蹤改善情形，截至113年3月底止，衛福部已責成地方衛生主管機關加強對轄內醫院設立或擴充等案件期程之掌控；且為免未來都市計畫主管機關於通盤檢討時，未能及時檢討醫療專用區土地使用情形，日後將主動通報都市計畫主管機關有關醫院設立案件開發進度。另監察院針對衛福部特許醫療機構申請設置案件閒置長達20餘年，並有排擠其他醫療機構申請部分，已於112年11月22日提案糾正衛福部。(詳監察院公報3355期)