澎湖縣政府(下稱縣政府)辦理3,000萬元以上重大公共建設計畫(下稱重大公共建設計畫)，經審計部臺灣省澎湖縣審計室查核發現，因該府個案計畫管制評核作業要點(下稱個案計畫管制要點)之規範缺乏風險管控機制，致部分重大公共建設計畫有進度落後而未能有效改善之困境，經函請檢討改善，業修正個案計畫管制要點並公告施行，強化計畫風險管控機制。
審計室指出，該府為加強各項施政計畫執行，於91年6月(112年3月修正)訂定個案計畫管制要點，列管經費1千萬元以上之計畫，透過召開公共建設督導會報、專案會議及實地查證等機制，協調解決各列管計畫執行困難問題，以落實及提升施政績效與品質。
然而，審計室於112年4月查核該府重大公共建設計畫之執行情形，發現近2(110、111)年度之執行率約5成，主要係上開管制要點未參酌國家發展委員會(下稱國發會)預警機制，規定風險判斷原則，區分預警系統風險程度，並依各風險程度給予適當的協助，及運用多元管控機制協調解決執行困難問題或建議退場機制，以有效管控公共建設計畫之推動，致該府部分重大公共建設計畫有長期陷於進度落後而未能改善之困境，舉如望安鄉公所辦公大樓興建工程等6項計畫連續3年執行率均低於8成，審計室遂於112年6月建請研謀改善。
審計室表示，經追蹤改善情形，縣政府已於113年3月，參採國發會函訂「公共建設計畫審議、預警及退場機制」修正上揭個案計畫管制要點，完善個案計畫管制作業規定，強化計畫風險管控機制。