新竹市政府（下稱市政府）推動市庫支付電子化，經審計部臺灣省新竹市審計室查核發現，近3年度（110至112年度）市庫電匯支付金額比率介於55.63％至68.17％之間，比率有待提升，經函請檢討改善，支付大額款項已改採電匯方式辦理，大幅提升電匯支付金額比率，增進市庫支付電子化效能。
審計室指出，市政府為市庫集中處理所屬各機關學校經費支付業務，訂定新竹市市庫集中支付作業程序，其作業流程係由各機關編製付款憑單，遞(傳)送至財政處，由財政處簽發市庫支票付與受款人，並以電匯存入受款人金融機構存款帳戶為原則。
然而，審計室於113年4月查核發現，市政府雖已推動市庫支付電子化，近3年度電匯筆數分別為7萬3,235筆、7萬7,355筆及7萬8,427筆，占全部市庫支付筆數比率各為92.90％、92.99％及93.29％，電匯筆數比率已達9成，惟電匯金額比率卻僅介於55.63％至68.17％之間，與電匯筆數比率差距頗大，顯示存有大額款項仍以支票支付情形，潛存支票存管風險，審計室遂於113年5月函請市政府檢討改善。
審計室表示，經追蹤改善情形，市政府自113年5月起，業將大額市庫款項改由電匯方式支付，113年度截至6月底止，電匯金額比率提升至75.37％，已優化公庫支付效能，落實電子化政府政策。