農業部林業及自然保育署(原行政院農業委員會林務局112年8月1日改制，下稱林業保育署)阿里山林業鐵路及文化資產管理處(下稱林鐵處)為提升森林鐵路沿線行車安全性及服務品質，辦理「阿里山森林鐵路42號隧道計畫(下稱本計畫或42號隧道工程)」，經審計部教育農林審計處查核發現，42號隧道工程因環境影響評估作業、隧道開挖方式及地質條件等因素影響，已逾原計畫核定期限（111年底）仍未完成，經函請督促檢討改善，42號隧道工程已於113年5月17日完工，森林鐵路於113年7月6日全線通車。
審計處指出，104年間颱風造成阿里山森林鐵路第42號隧道損壞且路基大規模流失，致55K至69K路段中斷無法通車，林鐵處為提升鐵路沿線行車安全性及服務品質，乃規劃辦理本計畫，變更路線施作鐵路隧道以穿越崩塌區，經行政院於106年7月11日核定，經費3.91億元，期程自107至109年。嗣因耗時1年10個月辦理環境影響評估作業，林鐵處提報修正計畫經行政院於107年7月31日核定，展延計畫期程至111年。
然而，審計處於110年3月及112年2月查核發現，林鐵處因環境影響評估作業耗時1年10個月，始於109年2月24日公告辦理42號隧道工程採購案，109年4月8日以3億5,460萬元決標，109年5月31日開工，原預定111年11月16日完工，嗣因久未擇定隧道開挖方式及受地質不佳等因素影響，致本計畫執行期程持續延宕，審計處遂先後於110年5月21日及112年4月12日函請林業保育署督促檢討改善。
審計處表示，經追蹤改善情形，林業保育署透過檢討開挖工法及調整施工順序，強化履約進度管理，42號隧道工程已於113年5月17日完工，經113年6月底完成試車後，阿里山森林鐵路於113年7月6日全線通車，有效提升鐵路行車安全性及服務品質，為嘉義地區帶來觀光人潮與商機。