桃園市政府水務局(下稱水務局)因應桃園航空城計畫(下稱航空城)辦理水環境治理評估，經審計部桃園市審計處查核發現，航空城區段徵收工程採分標方式辦理，因開發期程影響分標排水與設施接合，潛存38處防汛缺口，並待提升計畫周邊用地排水防洪能力，經函請檢討改善，已完成缺失改善及加強審查出流管制，並辦理整地工程達百年不溢堤防洪標準，保護機場與計畫周邊水域安全。
審計處指出，桃園航空城計畫源自98年1月總統公布國際機場園區發展條例，行政院於101年9月啟動，總開發面積4,564公頃，為全國規模最大區域徵收案，水務局為因應國家重大建設計畫開發涉及流域整體治理，110及111年度均編列1,500萬元辦理桃園市河廊空間規劃暨決策支援計畫，針對航空城水環境進行治理評估。
然而，審計處於 112年3月查核發現，航空城區段徵收工程採10個分標辦理，因受開發期程影響分標水路排水與設施接合，經透過Python程式輔助轉換圖資，及運用地理資訊系統QGIS套疊分析發現，航空城優先開發區及其他開發與剔除區內共有38處水利設施構造物功能缺失，另周邊區域排水因道路整地未及百年防洪標準，倘氣候變遷極端降雨強度增加，潛存溢淹風險。鑑於桃園國際機場105年6月發生嚴重淹水事件，影響班機超過200架次、旅客逾3萬人次，重挫國門形象及造成近5千萬元損失，為免航空城因防汛缺口影響水域安全，審計處遂於112年5月函請水務局檢討改善。
審計處表示，經追蹤改善情形，水務局已加強審視及改善航空城周邊水利缺失，截至112年底止，已改善航空城優先開發區及其他剔除區內共38處缺失，另考量周邊排水攸關航空城防汛，經評估流域治理重要性，已辦理埔心溪整地工程達百年不溢堤之防洪標準，並加強周邊水域安全。