高雄市政府水利局（下稱水利局）掌理水井納管及稽查作業，經審計部高雄市審計處查核發現，該局未研謀水井查察程序及相關管理規範，且部分水井座標資料異常，又違法水井查察作業欠周等情，經函請研謀改善，已訂定相關作業原則，更正水井資料，輔導納管水井合法化1,923口，填塞違法水井89口，增進水井納管作業成效。
審計處指出，高雄市自來水水源主要仰賴高屏溪及地下水，又經濟部水利署公告部分地層下陷高潛勢區，屬第二級管制區，為維護地下水使用秩序，以99年8月4日作為新增或既有未經核准鑿井引水之判斷時點，地方政府管制轄內既有未經核准鑿井引水者，如依規定申報納管，且經複查、裝設水量計或獨立電表後，得合法取得申請鑿井許可及水權登記。
然而，審計處於110年10月查核發現，水井申報納管期限至110年底屆期，惟該局未就處置及輔導作業研擬相關規範，不利合法化工作之執行；列管之部分水井座標資料異常，影響管制成效；另部分設置獨立電表之疑似水井未經納管處置等，審計處遂於110年12月函請水利局研謀改善。
審計處表示，經追蹤改善情形，水利局業於110年12月訂定高雄市納管水井輔導合法作業原則，截至112年9月底止，已更正異常水井座標資料，輔導納管水井合法化1,923口；並結合台灣電力股份有限公司用電數據等外部資料，加強查核納管違法水井9口，已填塞違法水井89口，逐步完善水井納管及稽查管制，增進水井納管作業成效。