澎湖縣政府衛生局（下稱衛生局）輔導食品業者登錄基本資料與相關產品資訊，經審計部臺灣省澎湖縣審計室查核發現，該局未確實掌握食品業者登錄情形，致間有營業中之食品業者未依規定辦理登錄，經函請檢討改善，該局已加強稽查並輔導登錄，嗣後將持續追蹤業者營運狀況，以維護民眾飲食安全。
審計室指出，衛生局依食品安全衛生管理法規定輔導食品業者於食品藥物業者登錄平台登錄基本資料與相關產品資訊，為掌握食品業者相關資訊及食品流向，並依財政部南區國稅局澎湖分局(下稱澎湖國稅局)提供之申請稅籍設立登記新增食品業者資料，辦理食品業者登錄輔導與稽查，以維護民眾飲食安全。112年度(截至11月28日止)澎湖國稅局副知衛生局有關申請稅籍設立登記新增食品業者共81家。
然而，審計室於112年11月查核發現，上開新增食品業者部分實際販售食品且尚在營業中，惟未於食品藥物業者登錄平台辦理登錄，衛生局未確實掌握食品業者狀態並稽查，以落實其相關資料之登錄，審計室遂於112年12月函請該局研謀改善。
審計室表示，經追蹤改善情形，衛生局於審計室查核後已加強輔導食品業者登錄資料與稽查，截至113年1月9日止，除有3家業者已註銷稅籍登記或未營業外，67家業者已完成資料登錄申辦，11家業者經衛生局實地稽查結果，10家業者尚無營業事實，1家業者有營業事實但無販售食品，暫無需申辦食品業者資料登錄，該局將持續追蹤其營運狀況，如有販售食品情形，將輔導業者完成資料登錄，以符合食品安全衛生管理法相關規定，並持續落實對新增稅籍登記之食品業者之輔導與稽查管理，以維護民眾飲食安全。