臺東縣政府(下稱縣政府)設置臺東縣一般廢棄物清除處理基金及臺東縣環境保護基金等2個非營業特種基金，並以臺東縣環境保護局(下稱環保局)為管理機關，經審計部臺灣省臺東縣審計室查核發現，上開非營業特種基金會計制度未因應中央政府法令變革適時配合修正，致與中央政府會計規制未符，經函請檢討改善，已完成該2個非營業特種基金會計制度之修正，俾完善基金之會計制度規章。
審計室指出，行政院主計總處(下稱主計總處)因應會計法第29條刪除固定項目分開原則之規定，進行相關會計規制修正作業，中央政府所屬特別收入基金自109年度起，按新修訂政府會計共同規範處理會計事務，地方政府所屬特別收入基金若為配合修正資訊系統之需，可延至110年度實施。
然而，審計室於112年3月查核發現，環保局雖於110年度參照主計總處修正會計新規制，將固定資產及無形資產以另帳表達改列平衡表，惟未配合現行會計實務作業修正上開非營業特種基金會計制度，致與中央政府修正後之會計規制未符，審計室遂於112年6月函請環保局檢討改善。
審計室表示，經追蹤改善情形，臺東縣一般廢棄物清除處理基金及臺東縣環境保護基金等2個非營業特種基金會計制度，已於112年10月完成修正作業，並經縣政府主計處核定生效，地方與中央會計制度規範，俾完善基金之會計制度規章齊一。