澎湖縣政府(下稱縣政府)於新型冠狀病毒肺炎(COVID-19)疫情期間，基於風險分攤及利益共享原則，給予促進民間參與公共建設案(下稱促參案)及委託經營案等廠商與免稅購物商店紓困協助，經審計部臺灣省澎湖縣審計室查核發現，縣政府未依財政部函示就個案實情，審慎辦理紓困措施，經函請檢討改善，已檢討縮短減免期程並恢復收取權利金等，充實財政收入及維護政府權益。
審計室指出，縣政府因公部門財政困窘及人力資源有限，透過促參、委託經營及設立免稅購物商店等措施，導入民間人力與資源參與公共建設，以兼顧政府財政、公共事務及產業發展，並自95年起推動「澎湖縣馬公第三漁港綜合旅館區興建營運移轉」等7件促參案、「第二漁港漁產品直銷中心(菊島之星)」等4件委託經營案及許可(設立)2家免稅購物商店，並依各該案件之契約規定收取經營權利金、土地租金及經營許可費等，以充實財政收入。
然而，審計室於110年3月查核發現，縣政府因應新型冠狀病毒肺炎(COVID-19)疫情，對轄內促參案及委託經營案等廠商與免稅購物商店予以紓困協助，減免其經營權利金、土地租金及經營許可費等，惟未依財政部函示詳實考量個案實際經營情形及受疫情影響程度，逕予減免投資廠商110至112年之土地租金及權利金6,204萬餘元，並對部分廠商減免期間延長至114或115年等，均影響政府權益與財政收入，審計室遂於110年5月函請檢討改善。
審計室表示，經追蹤改善情形，縣政府已依財政部函示就個案受疫情影響實情，檢討縮短相關減免措施之期程，自112年恢復收取權利金、土地租金及經營許可費，截至112年底止，合計收取1,714萬餘元；類此案件，嗣後將審慎衡酌個案特性及其實際情況，於合理範圍內辦理，以維護政府權益。