澎湖縣政府稅務局(下稱稅務局)為維護租稅公平，辦理地價稅稅籍及使用情形清查作業，經審計部臺灣省澎湖縣審計室查核發現，尚未運用「國土利用監測整合通報查報系統」(下稱整合系統)輔助清查農地改課地價稅作業，經函請研謀改善，已申請使用該系統輔助清查並補徵地價稅，以健全稅籍，並維護租稅公平。
審計室指出，稅務局為提升地價稅稅籍清查成效，已與澎湖縣政府農漁局(下稱農漁局)建立跨機關合作機制，請農漁局提供農地違規使用案件，作為農地改課地價稅之依據，經統計稅務局改課地價稅筆數及稅額由107年之1,103筆及87萬餘元，上升至109年之1,790筆及161萬餘元，初具成效。
然而，審計室於110年10月經運用整合系統查核發現，截至109年底止，該系統列管之澎湖縣農地違規使用裁罰案件計42件，惟違規使用裁罰之農地未按一般用地稅率改課地價稅計12筆，其中屬107年度農地違規使用裁罰案件計8筆，顯示農地未作農用改課地價稅之作為仍有強化空間，有待參考運用整合系統變異點查報之違規案件，輔助清查地價稅稅籍，以維護租稅公平，審計室遂於110年11月函請稅務局研謀改善。
審計室表示，經追蹤改善情形，稅務局已於111年1月3日函請內政部營建署城鄉發展分署(內政部營建署於112年9月20日改制為國土管理署)同意開通該局帳號並使用整合系統，截至112年8月底止，該局已就上開農地違規使用案件清查改課地價稅計9筆(補徵6千餘元)，並運用整合系統清查109至111年間變異點查報之違規案件計69件(129筆土地)，屬農地違規使用改課者計36筆(補徵1萬餘元)，以健全稅籍，並維護租稅公平。