新竹縣政府(下稱縣政府)配合政策輔導未登記工廠合法化，經審計部臺灣省新竹縣審計室查核發現，申請納管未登記工廠已提出工廠改善計畫者未及2成，且縣政府尚未訂定納管輔導金及營運管理金等收支保管運用相關規範，經函請檢討改善，轄內已有逾8成業者提出改善計畫，且已訂定「新竹縣政府工業管理專戶收支保管及運用要點」。
審計室指出，依工廠管理輔導法規定，經核准納管之未登記工廠，應於112年3月19日前提出工廠改善計畫，每年並應繳交納管輔導金，最遲應於119年3月19日前取得特定工廠登記，每年應繳交營運管理金，最終應於129年3月19日前取得土地及建築物合法使用證明文件，成為合法工廠。
然而，審計室於111年11月查核發現，截至111年10月底止，未登記工廠已申請納管者計618家，已提交工廠改善計畫者計92家，提交率14.89％，未及2成，尚待於提交期限將屆前加強宣導；又截至111年9月底止，新竹縣政府依工廠管理輔導法收取納管輔導金及營運管理金達1億369萬餘元，惟尚未訂定收支保管運用相關規範，審計室遂於112年1月函請縣政府檢討研謀改善。
審計室表示，經追蹤改善情形，截至112年8月底止，依經濟部中部辦公室公告新竹縣既有低污染未登記工廠申請納管名單共622家，未登記工廠提交「工廠改善計畫」計499家，比率已達8成，尚未提交之業者將依規定辦理稽查及裁處，縣政府並已參考其他行政機關作法，於112年1月訂定「新竹縣政府工業管理專戶收支保管及運用要點」，以有效運用相關資源，提升未登記工廠輔導及管理效益。