國家運輸安全調查委員會(下稱運安會)為管理差勤及管控加班費，訂有差勤管理及加班管制要點。審計部交通建設審計處查核發現，間有員工未依規定申請加班及差勤管理未臻嚴謹等情事，經函請檢討改善，已修正該項要點，強化內部管理機制。
　　審計處指出，運安會為落實差勤管理及控管加班費，於108年8月1日訂定差勤管理及加班管制要點，規定員工加班應依實際加班時間覈實填報及敘明加班具體事由，並建置線上差勤管理系統，供員工上、下班刷卡及加班申請。
　　然而，審計處於112年4月查核發現，運安會間有員工未依規定程序申請加班及核准，多次非在辦公室加班，申請加班事由多以趕辦公文、開會或準備會議資料等概述；又上班時數未滿8小時，即開始計算加班時數等情事，審計處遂於112年5月函請運安會查明及檢討改善。
　　審計處表示，經於112年9月追蹤改善情形，該會已收回員工溢領加班費，及修正差勤管理及加班管制要點，增訂員工加班應有刷卡、簽到或其他可資證明之紀錄，會內加班起迄時間應與刷卡資料勾稽；另於該會風險管理及內部控制手冊增列加班費管控作業項目及流程，強化內部管理機制。